Vydajte sa na preskúmanie a hodnotenie testovacej súpravy pre psa

Spoločnosť Embark (199 dolárov) bola založená vedeckými bratmi po rokoch štúdia genetiky psov a predstavuje najväčšiu databázu psích plemien svojho druhu. Kontroluje proti viac ako 250 typom šteniat, ako aj proti vlkom, kojotom, dingám a takzvaným voľne žijúcim „dedinským psom“. Táto šírka analýzy je kľúčová, pokiaľ ide o presnosť určenia plemena. Vydajte sa tiež na kontrolu DNA vášho domáceho maznáčika, či neobsahuje príznaky 165 genetických chorobných stavov, a môže určiť, či je vaše šteňa nosičom alebo u ktorého je riziko vzniku plne rozvinutej choroby. To je viac mutačných testov ako ktorákoľvek iná súprava na testovanie psích DNA. Vylodenie je drahé a možno ponúka príliš veľa informácií, ale toto sú jeho jediné chyby.

Služby genetického screeningu

Pustite sa do najdrahšej súpravy DNA pre zvieratá, ktorú som testoval, a ponúka sa iba v súprave na jeden test. V čase písania tohto článku by ste mohli získať lepšiu cenu, ak testujete viac psov (na webových stránkach spoločnosti Embark použite kupónový kód „MULTIPACK“), pričom pri štyroch alebo viacerých súpravách môžete využiť maximálne 20 percent. Útulky, chovatelia a veterinári môžu tiež získať zľavy. Ale ako sa hovorí, dostanete, za čo platíte. Vyhlásenie na webe Embark tvrdí, že proces identifikácie plemena „testuje vyše 200 000 genetických markerov a vytvára chromozóm vášho psa zmiešaním chromozómu.“

Počas procesu registrácie, ktorý musíte vykonať pred odoslaním vzorky, spoločnosť Embark vás požiada o povolenie použiť vašu vzorku na výskum. Spoločnosť Embark je v spolupráci s Vysokou školou veterinárneho lekárstva v Cornell University - pomáha to, že spoluzakladateľ Adam Boyko je profesorom v tejto oblasti - vedci sa preto zaujímajú o údaje spoločnosti Embark. Spoločnosť bude tiež spolupracovať s externými výskumníkmi, ktorí používajú informácie o testoch DNA, ako sú napríklad súčasní partneri VetGenomics a Doberman Diversity Project.

Zber DNA

Balenie spoločnosti Embark vyniká konkurenciou. Napríklad sa mi páči zrozumiteľné a stručné ilustrované pokyny. Karta vo vnútri zobrazuje všetky pokyny a navyše obsahuje adresy URL, ktoré môžete navštíviť, aby ste mohli aktivovať súpravu, pozrieť sa na zoznamy plemien, naučiť sa, ako vytrhnúť psa z tváre a získať vzorku, a ďalšie.

V balení je tiež oceľová značka pre raketové stupne, ktorá má na zadnej strane adresu URL. Ak sa váš pes stratí, ktokoľvek zistí, že môže použiť adresu URL na prístup k zdieľaným údajom o tomto psovi. Ak uvedená osoba zavolá na telefónne číslo na značke, spoločnosť Embark bude vystupovať ako tretia strana, aby spárovala vyhľadávača a majiteľa. Inými slovami, spoločnosť Embark nielen rozdá vaše osobné kontaktné informácie.

Prvá vec, ktorú urobíte, je aktivácia súpravy - rovnako ako v prípade súprav ľudskej DNA. Máte možnosť použiť prihlásenie cez Facebook alebo Google alebo si vytvoriť účet s e-mailovou adresou. Ak máte viac súprav pre viac psov, zaregistrujte všetky súpravy na ten istý účet, aby ste k nim mali jednoduchý online prístup. Akonáhle bude váš účet aktívny, vytvorte profil psov pre každú súpravu, ktorú chcete aktivovať, a zaregistrujte každú z čísiel zo súpravy Embark.

Tu sa tiež môžete rozhodnúť, či chcete, aby údaje vášho psa prispievali k lekárskemu a vedeckému výskumu (viac o tom nižšie). Spoločnosť Embark vás tiež informuje, že bude zasielať aktualizácie e-mailom a, ak si želáte a ste v USA, text SMS správa.

Upozornenia na vrchu balenia vám dávajú pokyn, aby ste škatuľu nerozdrvili, pretože slúži ako vratná prepravná nádoba na vzorku DNA. Toto je jediný test DNA, ktorý som videl u psov, ktorý si vyžaduje jediný tampón - zvyšok vyžaduje dve vzorky. Zberná huba spoločnosti Embark prichádza na koniec plastovej nádoby naplnenej stabilizačnou tekutinou. Vytrhnite vrecko spodného lícneho vrecka psa (medzi ďasná a líce, pokiaľ možno bez žuvania) po dobu 30 sekúnd - čo je o 10 sekúnd dlhšie ako u konkurencie. Odskrutkujte jednotku, prevráťte ju a vložte špongiu do tekutiny. Jemne pretrepte 10 sekúnd a vzorka je pripravená ísť poštou. Pustiť sa do očividne používa vzorkovač od spoločnosti s názvom DNAGenotek; Nižšie je uvedené video s pokynmi použitými na stránkach spoločnosti Embark:

Testy DNA tampónov z konkurencie spočívajú jednoducho v hádzaní niekoľkých dlhých bavlnených tampónov do obálky. Embarkov test sa cíti viac vyspelý a dôveryhodný, aj keď neexistuje spôsob, ako si byť istý. Je to rovnaká metóda, akú používa testovacia DNA ľudskej DNA MyHeritage DNA. Koniec koncov, nemôžete skutočne donútiť psov, aby pľuli do skúmavky, ako to robia ľudia s 23 a Me.

Postupujte podľa pokynov na vloženie vzorky do priloženej plastovej obálky, všetko zahoďte do tej istej škatule, do ktorej prišla, a zatvorte kryt. Vložte ju do e-mailu. Baňa išla do Embarkovho laboratória v jej ústredí v Bostone. Všetky poštovné sú predplatené.

Odhad, ktorý získa odpoveď od spoločnosti Embark, je dva až štyri týždne. Za 19 dní som dostal odpoveď na jednu súpravu; druhá vzorka sa ukázala s výsledkami plemena za 21 dní (s ďalším dňom sa objavia ostatné informácie). Toto je vynikajúci čas obratu.

Správy o DNA a ďalšie funkcie

Spoločnosť Embark udržuje vzorovú správu online, v ktorej je uvedený „smiešne fotogenický“ pes generálneho riaditeľa Harley. (Pes je skutočne fotogénny.) Po odoslaní vzorky vás spoločnosť Embark priebežne informuje prostredníctvom e-mailu. Dostal som e-mail s informáciou, že súprava bola na ceste menej ako tri hodiny po tom, čo som ju upustila na pošte. Dostal som upozornenie na príchod vzorky do laboratória, začiatok genotypizácie, keď by genomici (vedci, ktorí sa špecializujú na genómy) preskúmali vzorku a nakoniec e-mail s informáciami o tom, že výsledky boli. Dostal som aj ten mizerný film Alpha, pretože Embark s tým má dohodu. Výsledky zdravia sa niekedy prejavia dlhšie ako výsledky plemena.

Na rozdiel od iných testov DNA, ktoré sme urobili, Embark uvádza veľa výsledkov v tomto konečnom e-maile, vrátane malej šišky s počiatočnými výsledkami plemena, a dokonca aj náznak toho, koľko je vlka DNA vo vašom čisto domestikovanom psovi. Úplné výsledky získate po prihlásení sa na stránke My Embark. Tam môžete tiež tlačiť správy PDF, aj keď nie všetky údaje online sa zobrazia v PDF.

Moja metodika spočívala v tom, že raz som otestoval čistokrvného psa (Griffin) a zistil, či by testovacia spoločnosť mohla mať plemeno správne, potom dvakrát otestovať svojho spoločníka so zmiešanými plemenami (Madison) - raz pod falošným menom („Daisy“) a nový účet - zistíte, či boli výsledky obidva rovnaké. Ak vezmeme do úvahy testy, ktoré spoločnosť Embark poskytla pre naše použitie, je možné, že bude iba možné sledovať čísla vzoriek odoslané do programu PCMag a dávať pozor na takéto podvody, ale zdá sa, že to vyžaduje veľa práce.

Výsledky

Prvou zastávkou, ktorú pravdepodobne budete chcieť dosiahnuť v úplných výsledkoch, je tlačidlo Plemeno. S potešením môžem oznámiť, že spoločnosť Embark si myslela, že Griffin bol zlatým retrieverom na 100, 0 percenta, čo súhlasí s niekoľkými ďalšími testami DNA, plus vlastníkom a chovateľom Griffinu.

Madison sa samozrejme vrátil so všestrannou kombináciou plemien: 34, 2 percenta amerického pitbulteriéra, 17, 5 percenta shetlandského ovčiaka, 13 percent labradora, 12, 4 percenta anglického springer španiel, 9, 1 percenta bulharského jazyka, 7, 1 percenta nemeckého pôvodu Shephard Dog (GSD) a 6, 7% rotvajler. Žiadny iný test DNA ju neoznačil za to, že vo svojich génoch mala Springer alebo GSD.

Čo sa stalo s druhým testom Madisona (známym ako „Daisy“)? Boli tam všetky rovnaké plemená, len mierne odlišné percentá od tých v strede.

Je zaujímavé, že Embarkovo najvyššie plemeno pre Madison je Pit Bull Terrier a nie americký stafordšírsky teriér - obidva sa zvyčajne stretávajú pod monikerom „pitbul“, ale je tu rozdiel, aspoň čo sa týka veľkosti a vzhľadu. Americký stafordšírsky teriér bol pre Madison najlepším výberom ďalších testov DNA, ako napríklad Wisdom Panel.

V sekcii Plemeno sú uvedené aj informácie o rodinách plemien v makeupe psa, plus sa zameriava na haplotyp (sekvencia DNA) pre matku a otca psa a dokonca sa v nich zobrazujú mapy, z ktorých môžu pochádzať starí predkovia psa. Toto sú triviálne veci a niektoré z nich (napríklad mapy) sa cítia ako výplň.

Rodinné stromy pre Madisona a „Daisy“ boli rovnaké. Testy DNAffirm a DNA My Dog neboli konzistentné ani so sebou samými, čo vrhlo akúkoľvek vieru v ne. Nie je to tak s naštartovaním. Pohľad na rodokmeň rozdeľuje rodičovstvo plemena. Všimnite si, že Griffin ani nezískal strom, čo je v poriadku, pretože by to boli všetci zlatníci.

Zdravie a ďalšie

Prezeranie časti Plemeno pod vstupom vášho psa je len začiatok. Sekcia Výskum vyžaduje prácu od vás, majiteľa psa - je to pre tých, ktorí plánujú prispieť svojou DNA k psom do vedy. Vyjadrite nádej, že vyplníte niekoľko malých prieskumov, ktoré vám pomôžu tento prínos, a to v oblastiach, ako je zubné zdravie vášho psa, problémy so správaním a alergie a úplný lekársky prieskum. Je to presne také zábavné, ako by ste očakávali: žiadne. Urobte to však, ak chcete získať celý zážitok zo zlepšovania sveta prostredníctvom genómu vášho psa.

Oddiel Zdravie je pravdepodobne najdôležitejší, pretože má výsledky pre všetky testy vykonané na genetických mutáciách, ktoré by mohol mať váš pes alebo aspoň mohol mať. Griffinove výsledky boli úplne jasné, čo súhlasilo so zisteniami Wisdom Panel. Madisonove výsledky sa tiež zhodli - je nositeľom Degeneratívnej myelopatie, ale neodovzdá ju, pretože sa rozbehla. Aj keď je zrejmé, táto časť ďalej ukazuje spoločné podmienky pre plemeno (-y) psa. Väčšina týchto informácií sa bude zaujímať iba o ľudí, ktorí majú psa v ohrození, ale je tu možnosť prečítať si všetkých 165.

Všimnite si, že Madisonova správa zobrazuje iba výsledky za 162 testov, nie za inzerovaných 165 testov. Zástupca spoločnosti povedal: „Ak naše algoritmy nie sú stopercentne presvedčené o zdravotnom volaní, nebude to nazývať.“ Ak existuje konkrétny test, v ktorom chce zákazník dosiahnuť výsledky, a oni ho nevidia, nepredpokladajte, že je to negatívny výsledok. Spoločnosť Embark posúdi výsledok ručne na žiadosť majiteľa psa.

V časti Zdravie sú odkazy na vytvorenie ľahko zdieľateľnej alebo tlačiteľnej správy pre veterinárnych lekárov. Ak je pes čistokrvný, existuje aj odkaz na odoslanie správy o genetických nálezoch ortopedickej nadácii pre zvieratá (OFA), organizácii, ktorá chce znížiť genetické ochorenie spoločenských zvierat.

Nakoniec je tu rozšírená časť, ktorá ukazuje výsledky, ktorým rozumie iba genetik. Rozdeľuje informácie, ako je množstvo plemeno DNA nájdené na každom z 38 chromozómov, všetko v pestrej množine grafov. Prejdite nadol pre informácie o genetickej diverzite psa, ktorá poskytuje skutočnú mieru kríženia (ako úzko súvisia rodičia psa). Čím viac sa narodí, tým viac geneticky zdedených stavov sa môže stať. Rodičia Madison mutt mali koeficient kríženia 0%; ale čistokrvní Griffinovi rodičia mali 23 percent podielu génov, ktoré boli identické u oboch rodičov.

Ak ste pri čítaní genómov svieži, aplikácia Embark vám umožňuje sťahovať súbory ZIP s približne 7 megabajtov neinterpretovaných údajov o 200 000 značkách vo vzorkách. To, čo by ste s tým urobili, je odhad.

Správa o vlastnostiach je trochu zaujímavá a ukazuje genetické miesta, ktoré ovplyvňujú farby a vrstvy. Opäť je to zaťažené rečou o chromozómoch a odkazmi na ďalšie psy Embark, ktoré majú podobné nálezy. Výnimkou je sekcia Inbreeding Coefficient, ktorá ukazuje, do akej miery čistokrvná mamička a otec psa zdieľajú rovnaké gény. Griffinovi rodičia mali výsledok 23% (Madison the mutt's people: 0 percent). Bolo zaujímavé vidieť, že „Daisy“ má rovnaký genotyp ako Madison. V dlhodobom horizonte je však časť figuríny funkcie Wisdom Panel pre bežného používateľa lepšia ako zložitejšie údaje spoločnosti Embark.

Genetické závery

Vydať sa je skutočná dohoda. Ak sa zaujímate hlavne o potenciálne genetické problémy vášho psa, táto súprava by mala byť vašou prvou voľbou; jednoducho testuje ďalšie problémy. Len za to stojí za to, že ďalších 50 dolárov nad cenu Wisdom Panel. Podľa našich výsledkov je určenie plemena väčšinou konzistentné. Vzhľadom na vedecké pozadie, ktoré má spoločnosť, nie je dôvod sa cítiť menej ako sebaisto vo svoj výsledok. Mnoho uvádzaných údajov je však pre priemerného majiteľa psa zbytočné a komplikované.